В то же время процесс становления кредитной системы выявил определенные недостатки. Они выразились в нарушениях во всех звеньях: продолжают образовываться и существовать мелкие учреждения ( банки, страховые компании, инвестиционные фонды), которые из-за слабой финансовой базы не могут справляться с потребностями клиентов; коммерческие банки и другие учреждения в основном проводят краткосрочные кредитные операции, недостаточно инвестируя свои средства в промышленность и другие отрасли.

Многие вновь созданные кредитно-финансовые институты , страховые компании и инвестиционные фонды занимаются несвойственной им деятельностью: привлекают вклады населения, выполняя функции коммерческих и сберегательных банков. Ряд инвестиционных фондов, финансовых компаний и банков построили свою деятельность не на подлинной коммерческой основе, а по принципу пирамиды, что вызвало волну банкротств в 1993-1994 г.г., а также финансовый кризис 1998 года заметно сократил число организаций кредитной системы России. Благодаря этому процессу, в из кредитной системы РФ исчезли большинство мелких кредитных организаций, которые не смогли устоять перед кризисом банковской системы, тем самым укрепив банковскую систему страны (создание банковских пулов, ассоциаций и т.д.)./9/